高純度氫氣發生器連續工作的情況下，易造成機內升溫過高、散熱條件變差，導致一些元器件燒壞，如光電耦合、數字顯示表等損壞。發生故障時要重點檢查其中的可控硅、二極管、電容等電子元件，電解液為堿性水溶液，會對管路中的閥件和密封造成損壞。要及時檢查電解池和容易腐蝕泄漏的部位，做到發生故障時心中有數。
過濾器和干燥管需要經常拆卸，容易造成連接處螺紋滑扣、密封不嚴，影響高純度氫氣發生器正常工作。因此在拆卸時要仔細，避免用力過猛，要經常檢查水箱、排水管、氫水分離器等部件是否漏水。緊固有關部件，但用力不要太大，避免造成部件出現裂紋。要經常采用壓力下降法對氫水分離器、收集器、過濾器等部件的螺紋緊固部分進行漏氣檢查。
發生器使用中要特別注意每次工作完畢后務必先旋松電源開關旋鈕，切斷電源，待壓力自動降至0，流量顯示*黑屏后，再關掉接線板上的電源開關或拔掉插銷；發生器切勿在壓力為0時空載運行；不要自行將電解池拆卸打開；加液或加水時液位不要超過上限，也不能低于下限；旋緊高純度氫氣發生器電源開關旋鈕，不能漏氣。